ステージ概要
| 初期選択可能キャラ | リンク（おすすめ）・インパ・シーク・ラナ・ゼルダ・ミドナ・ファイ |
| プレイアブルキャラ | リンク・ラナ・ダルニア |
| ハートの器 | リンク（遺跡頂上の部屋東にある岩を爆破） |
| ハートのカケラ | ミドナ（遺跡東の部屋制圧） |
| 黄金のスタルチュラ | 誰でも可/1000体打倒（東女神の聖堂南東の岩を爆破） |
| 黄金のスタルチュラ（難） | ラナ・大樹/魔方陣使用前にヴァルガを撃破し、すべての味方生存のまま敵本拠地開門（西女神の聖堂北） |
女神の聖堂奪還
マスターソードの真の力を目覚めさせたリンク一行。
魔女の谷、ラネール渓谷でシアとの最終決戦になります。
まずはシアの力を抑えるため、封印された東西の女神の聖堂を奪還します。
リンクの初期位置から西廃墟、西防衛砦、西聖堂と落として行けますが、敵はゼルダのいる東側に多く現れます。
ダルニア1人で荷が重い場合、リンクが東に回る方がよいでしょう。
東西聖堂を制圧すると、隠されたもう1つの聖堂、南女神の聖堂の捜索が始まります。
黄金のスタルチュラ
敵の数が多いので、聖堂捜索中にも1000体撃破を達成し、スタルチュラが出現します。
スタルチュラは東女神の聖堂の南東、突き当たりの岩を爆破で捕獲できます。
女神の泉前へ誘導
3つの聖堂を制圧すると、大妖精様の声が聞こえます。
ゼルダが女神の泉へ進軍するので、これを援護することになりますが、すぐにもう1つのミッションが発動します。
少し離れたところにいるリザルフォス、アイスビッグポゥ、そしてヴァルガを女神の泉の前まで誘導します。
交戦を開始したら泉の前へ移動するとついてきてくれるので、プレイアブルの3人を使ってそれぞれ誘導しますが、このときヴァルガが強化され、危険な状態になります。
ゼルダの護衛も含め、上手く立ち回るしかありません。
シアとの決戦
誘導の成否は問わず、ゼルダが女神の泉に到着し、泉を使うと大魔法が発動、敵の多くが消滅しヴァルガも弱体化します。
弱体化したヴァルガを倒すと、いよいよシアとの決戦になりますが、シアは4体に分裂し、遺跡東西の部屋に1人ずつと、遺跡頂上に2人現れます。
1体ずつ仕留めていき、最後に頂上でシアを倒せばシナリオクリア。
ハイラル王国は救われたかに見えますが、まだまだ物語は完結しません。
ハートの器とハートのかけら
ハートの器はリンクで、遺跡頂上の部屋の南東にある岩をバクダンで爆破すると出る宝箱からです。
ハートのカケラはミドナで、遺跡西の部屋制圧で出る宝箱からの入手です。
シア戦で制圧するので、そのときに回収。